2016年，南县把整县推进农村环境综合整治作为推进特色改革的最佳切入口，作为精准扶贫、加快国家生态文明示范县创建的重要载体。按照南县推进农村环境综合整治的规划，南县以“清洁家园、清洁田园、清洁水源、清洁能源”为主要内容，重点解决影响农民群众健康和农村发展的突出环境问题。
目前，南县整县推进农村环境综合整治第二期工程公开招标的13个的标段，正在紧锣密鼓地有序推进。力争年内对南县被列入“全省为民办实事”范围的45个行政村加强环境保护和生态建设，逐步建立和完善包括垃圾收集和转运系统、污水收集和处理系统在内环境基础设施。同时，完成涉及11个乡镇标段和2个人工湿地；基本完成中心集镇的生活污水处理厂的规划选址、设计方案及运营方式筛选等工作；完成农村安全饮水工程。
县相关职能部门结合县委、县政府对于畜禽养殖业三区划定办法的实施，对限养区和适养区已建有粪污治理设施的养殖户予“以奖促治”，进一步完善其治理设施。
