近年来，瓜州县大力推行标准化生产，引导和扶持龙头企业、农民专业合作组织、种植大户等新型农业经营主体率先实行标准化生产，不断壮大产业基地，推动产业优化升级。
至目前，全县获得无公害农产品认证17个，无公害农产品产地认证24个，绿色食品认证2个，地理标志保护产品5个，“三品一标”农产品面积达到41.13万亩，占全县食用农产品种植面积的82.2%。获得绿色食品认证的农产品加工企业4家、农民专业合作社1家；“瓜州枸杞”获国家绿色食品A级产品认证，“瓜州蜜瓜”获国家地理标志保护产品认证，甘草中药饮片通过药品生产GSM质量管理规范认证；建成枸杞绿色食品原料种植基地5.8万亩。
