一系列刚刚实施或者即将实施的管理和准入制度，为农产品进出口设置了一道道门槛，河南农产品出口也面临更大的挑战。
根据要求，出口农产品将全面实施注册登记制度。所有出口农产品的种植、养殖、加工、包装、存放单位都被纳入注册登记范围。从2007年10月1日起，未经注册登记的水生动物养殖场、中转场、稻草加工热处理企业不得出口；10月15日起，未经注册登记的饲料、饲料添加剂、宠物食品生产加工企业不得出口；11月1日起，未经注册登记的果园和包装厂的水果不得出口；12月1日起，未经注册登记的企业生产的种苗花卉不得出口；从2008年4月1日起，未经注册登记的企业生产加工的其他农产品不得出口。
在加强出口管理的同时，对进口企业也全面实施备案管理制度。从2007年12月1日起，只有经过备案管理的收货人或代理人才能申请进口农产品的检疫审批和报检工作。
河南出入境检验检疫局有关人士表示，检验检疫部门将加大对企业生产加工经营活动的监督，并建立企业诚信管理制度，做好良好和不良记录。同时加大对进口农产品的检验检疫把关力度，对进口不合格农产品，无有效除害处理方法的，一律作退运或销毁处理，并由总局向国外发出违规通报，要求进行调查并采取有效的改进措施。
