农牧业产业结构调整是新时期推进农牧业现代化的必然要求，是全面实现小康社会的关键。根据自治区农牧产业发展“稳羊增牛扩猪禽”的思路，鄂托克旗结合当地草原生态及气候特点，加大农牧产业结构调整力度。
一是调整种植业结构。全面推进退耕还草政策，减少玉米种植一头独大局面，发展优质牧草种植面积。目前，全旗40万亩耕地中，紫花苜蓿等优质牧草种植面积达到20万亩。
二是调整畜群畜种结构。在做强阿尔巴斯白绒山羊这一优势畜种的基础上，大力发展肉牛产业，引进安格斯能繁母牛2000多头，并购买20头安格斯优质种公牛发放到养殖户。通过捆绑使用部门资金项目扶持，2016年底肉牛存栏有望达到5万头以上。同时与内蒙古蒙羊公司达成协议，在棋盘井镇公其日嘎地区和木凯淖尔镇引进肉羊1万只。
三是调整农牧业组织化经营结构。建立“龙头公司与专业合作社+家庭牧场”利益联结机制，2016年培育龙头企业2家，建设种养殖大户50户，逐步规范农牧业合作社的运行。
四是调整农牧业技术结构。推进膜下滴灌9万亩，肥水一体化8万亩，秸秆还田5000亩，测土配方施肥10万亩，农作物优良品种达到全覆盖，新建配种室30户，推广机械饲喂，引进电子商务平台2家。
五是调整生态环境结构。继续实施严格的禁休牧和禁垦政策，2016年生态恢复区新增人工草地建设1.2万亩。
通过一系列的尝试与探索，稳定了农牧民的收入，增加了创收渠道，为今后农牧业全面转型升级和创新经营机制奠定了基础。
